W najnowszym orzecznictwie sądów administracyjnych jednoznacznie potwierdzono, że podatnik nie może skutecznie wystawić faktury korygującej po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Takie stanowisko zajął Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (dalej jako: „WSA”) w wyroku z dnia 17.01.2022 r., a następnie Naczelny Sąd Administracyjny (dalej jako: „NSA”) w wyroku z dnia 28.08.2025 r., sygn. I FSK 1035/22, którym oddalił skargę kasacyjną podatnika i tym samym podtrzymał w pełni powyższą interpretację.
Tło sprawy – faktura z 2014 roku i wieloletni spór
Sprawa dotyczyła spółki, która po latach chciała skorygować fakturę. Spółka świadcząca usługi doradcze wystawiła w lipcu 2014 r. fakturę na rzecz swojego kontrahenta. Wartość faktury wynosiła 773.690,60 zł brutto, w tym podatek VAT 144.673,85 zł. Ponieważ klient nie zapłacił należności, spółka skorzystała z tzw. „ulgi na złe długi” i obniżyła podatek należny. W kolejnych latach toczył się jednak długi spór sądowy dotyczący wynagrodzenia, zakończony prawomocnym orzeczeniem sądu, które znacznie obniżyło wartość należności – do 200.043,20 zł brutto, w tym VAT 37.406,45 zł. W efekcie, po ugodzie zawartej w 2020 r., spółka wystawiła fakturę korygującą do faktury z 2014 r. i chciała uwzględnić ją w deklaracji VAT za III kwartał 2020 r.
Zdaniem Spółki, miała ona prawo do wystawienia faktury korygującej i do obniżenia podstawy opodatkowania oraz podatku należnego za III kwartał 2020 r. o wartości wykazanej w fakturze korygującej, wynikającej z orzeczenia Sądu i zawartego porozumienia.
Stanowisko Dyrektora KIS i WSA – po przedawnieniu zobowiązania podatkowego podatnik nie ma już prawa do korekty
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe. Wskazał, że zobowiązanie podatkowe z 2014 r. uległo przedawnieniu z końcem 2019 r. – zgodnie z art. 70 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 z późn. zm.; dalej jako: „Ordynacja podatkowa”). Po tym terminie spółka nie mogła już skutecznie dokonywać korekty faktury ani zmieniać wysokości podatku należnego.
Z tym poglądem zgodził się WSA, który podkreślił, że choć przepisy ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 z późn. zm.; dalej jako: „Ustawa o VAT”) nie wprowadzają wprost ograniczenia czasowego dla wystawienia faktury korygującej, to należy stosować ogólne zasady wynikające z Ordynacji podatkowej, co oznacza, że po upływie terminu przedawnienia podatnik nie może dokonać zmiany wcześniej deklarowanego podatku. Po przedawnieniu zobowiązanie podatkowe wygasa, a podatnik traci prawo do jego korygowania. Jak wskazał WSA w wyroku z dnia 17.01.2022 r., sygn. akt III SA/Wa 958/21:
(…) o korekcie wywołującej skutki podatkowe można mówić dopóty, dopóki mamy do czynienia z zobowiązaniem podatkowym. A z zobowiązaniem podatkowym mamy do czynienia tylko do czasu upływu terminu przedawnienia. Potem zobowiązanie podatkowe wygasa. I dlatego, bez żadnego dodatkowego przepisu zakazującego, wszelkie próby skorygowania go nie mogą wywołać skutków prawnych wobec fiskusa.
NSA potwierdził stanowisko WSA
Spółka nie zgodziła się z rozstrzygnięciem i wniosła skargę kasacyjną do NSA. Jednak NSA oddalił skargę, uznając, że wykładnia przyjęta przez WSA była prawidłowa. Tym samym ostatecznie potwierdzono, że po upływie terminu przedawnienia podatnik nie może skutecznie wystawić faktury korygującej ani zmienić wysokości podatku należnego.
Znaczenie wyroku NSA z dnia 28.08.2025 r., sygn. I FSK 1035/22 dla przedsiębiorców i księgowych
Wyrok potwierdza podnoszone już wcześniej w orzecznictwie stanowisko, że nawet jeśli późniejsze orzeczenie sądu cywilnego czy ugoda między stronami zmienia wartość należności, to dla celów podatkowych znaczenie ma fakt, czy zobowiązanie podatkowe w danym zakresie nadal istnieje, tj. czy nie zostało przedawnione.
Przedawnienie zobowiązania podatkowego ma zatem realne konsekwencje – zarówno dla organów, jak i dla podatników. Po upływie 5 lat (liczonych od końca roku, w którym upłynął termin płatności podatku) nie można już:
- wystawić skutecznej faktury korygującej,
- obniżyć lub zwiększyć podstawy opodatkowania VAT,
- skorygować deklaracji VAT w tym zakresie.
W praktyce oznacza to, że podatnicy powinni szczególnie uważać przy sporach trwających wiele lat – przedawnienie zobowiązania podatkowego może bowiem uniemożliwić późniejsze dostosowanie rozliczeń VAT do rzeczywistego wyniku sporu.
Autorką artykułu jest adwokat Katarzyna Anioł.
Źródło:
- Wyrok WSA w Warszawie z 17.01.2022 r., sygn. akt III SA/Wa 958/21.
- Wyrok NSA z 28.08.2025 r., sygn. akt I FSK 1035/22.
